Sousto z roku 1960 bylo o třech vězních z koncentračního tábora, kteří se pokusili ukrást bochník chleba z vagónu hlídaného nacisty a Němec byl za něj odměněn Hlavní cenou za nejlepší krátký film na festivalu krátkých filmů v Oberhausenu. Na ploše krátkého filmu si tu připravil půdu pro svůj celovečerní debut, který byl rovněž natočen podle jedné Lustigovy povídky z onoho souboru. Ještě před tím sbíral zkušenosti na Barrandově jako asistent a pomocný režisér u Martina Friče a Václava Kršky, na kterého s úctou vzpomínal, zvláště na jeho poetický Měsíc nad řekou. Asistoval i u hraného debutu svého generačního kolegy Jaromila Jireše Křik.Pak už přišel Němcův debutový celovečerní film, kterým jsou Démanty noci. Samotná povídka, podle které Němec svůj film natočil, se jmenuje "Tma nemá stín". Němec si však jako název filmu raději zvolil název celého knižního souboru Démanty noci. Démanty noci, v nichž Lustig popsal svoje vlastní zkušenosti z koncentračního tábora, jsou o dvou klucích, kteří uprchnou z transportu do lágru a vyhladovělí, polomrtví utíkají lesem, než je chytne banda sudetských senilních starců. Film je nicméně pozoruhodný svým stylem, tím jak se v něm prolínají představy, vzpomínky na život v Praze před válkou i surrealisticky laděné snové sekvence, zvláště ona slavná pasáž s mravenci citující slavného Andaluského psa.
Němec do hlavních rolí obsadil neherce, které si zvolil jen pro daný typ rolí. Valná většina filmu se odehraje bez dialogů jen s nejnutnějšími slovními informacemi. Důležitější zde byla obrazová stránka, na kterou si Němec najal naše nejvýznamnější kameramany Jaroslava Kučeru, kterému jako druhý kameraman pomáhal tehdy začínající Miroslav Ondříček. Právě Ondříček natočil onu úvodní dlouhou a podle slov režiséra obtížně realizovatelnou kamerovou jízdu. Velkou zásluhu Němec také v práci na svém filmu připsal střihači Miroslavu Hájkovi, který mimo jiné stříhal i filmy Chytilové a Formana. Démanty noci byly v roce 1964 odměněny Velkou cenou na mezinárodním festivalu v německém Mannheimu.
Po Démantech noci se Němec přidal k "manifestu" tzv. české nové vlny, kterým byly povídkové Perličky na dně podle povídek Bohumila Hrabala. Spolu s ním se na filmu podíleli Menzel, Jireš, Schorm a Chytilová. Němcův segment nesl název Podvodníci a byl o dvojici důchodců v nemocnici, kteří si návzájem vyprávějí vymyšlené historky.
Potom už realizoval svůj druhý celovečerní film, slavné podobenství O slavnosti a hostech, které mu získalo velkou pozornost tehdejšího politického režimu i pověst "Enfant terrible" českého filmu. Na scénáři s Němcem spolupracovala i jeho první manželka Ester Krumbachová, jedna z nejvýznamnějších postav tehdejší kultury. O slavnosti a hostech je stylem docela odlišné od Démantů noci. Jako kdyby ho natočili dva jiní tvůrci.Podobně jako ony ani O slavnosti a hostech nemá klasický příběh nebo děj. Sledujeme zde pouze výlet několika přátel, mužu a žen, kteří si chtějí v přírodě uspořádat piknik. Než je ale "přepadne" skupina několika mužu v čele s podivně se chovajícím Rudolfem (Jan Klusák). Ten skupinu hostů "násilím" odvede ke svému pánovi, hostitelovi (dr. Ivan Vyskočil), který pro ně uspořádá "slavnost". Jeden z hostů mu ale pokazí náladu, když z hostiny "bez dovolení" odejde.
Více než svými filmovými kvalitami a výjimečností v českém filmu, zaujal O slavnosti a hostech tehdejší komunistický režim a cenzory, kteří v Němcově filmu viděli výsměch socialismu a jeho hodnotám a v tváři Ivana Vyskočila nalezli podobnost s Leninem, což mělo pro Němcův film i pro něj samotného neblahý dopad. Podobně jako do Démantů noci i do O slavnosti a hostech Němec obsadil do hlavních rolích neherce, i když s jiným záměrem než u předchozího. Každý z nich, vedle Vyskočila, Klusáka ještě například Evald Schorm, Zdena Škvorecká, Karel Mareš a další, byli důležitými postavami tehdejší kulturní scény. Oba filmy mají ještě společné to, že patří k tomu nejlepšímu v českém filmu vůbec.
Před úplným zákazem činnosti stihnul Němec ještě natočit poeticky laděný povídkový triptych Mučedníci lásky, který nesl podtitul "filmový šanson o touze po štěstí". Ve třech povídkách V pokušení manipulanta, Nastěnčiny sny a Dobrodružství sirotka Rudolfa sleduje v sentimentálním zabarvení tři různé podoby hledání lásky. V pokušení manipulanta si zahrála i druhá Němcova žena, zpěvačka Marta Kubišová. Po srpnové ruské invazi v roce 1968, kterou režisér pohotově zdokumentoval v Oratoriu pro Prahu, měl Němec jako spousta dalších v československém filmu na dlouhá léta odvozoněno.
Krátce ještě pracoval pro televizi, natočil několik hudebních klipů s Martou Kubišovou, než byl donucen definitivně z Československa odejít. Právě toto násilné přerušení umělecké činnosti přetrhlo nit kontinuity Němcovy tvorby. Na rozdíl od jiných (Juráčka, Schorma) se ale dočkal pádu komunistického režimu během takzvané Sametové revoluce v listopadu 1989 a po 15 letech v exilu v Německu a v Americe se vrátil do vlasti. Pro svůj comebackový film si zvolil adaptaci Utrpení knížete Sternenhocha od Ladislava Klímy nesoucí název V žáru královské lásky. Do hlavních rolích obsadil excentrického zpěváka a muzikanta Viléma Čoka a Ivanu Chýlkovou. Děj se odehrával v současné Praze, mimo jiné i na žižkovském televizním vysílači. Do vedlejších rolích Němec obsadil celou škálu vynikajicích herců včetně proti svým typům obsazených Josefa Abrháma a Boleslava Polívky. Většina herců si spolupráci s Němcem, kterou přirovnávalï k jazzové improvizaci, pochvalovala. Nicméně výsledkem byl dost rozpačitý film, který pouze samoúčelně provokoval a nudil. V žáru královské lásky byl nepovedený experiment, který ani zdaleka nepřipomíná sílu a brilantnost Němcových stěžejních děl z let šedesátých.
Podobně bezvýrazně a zmateně působil i jeho další celovečerní film, který nesl podtitul "příběh o alchymii, moci, lásce a pozitivních silách v člověku" Jméno kódu: Rubín, do kterého obsadil Jana Potměšila a který zaujal jen několika záběry kameramana F. A. Brabce a hudbou Jana Hammera. Naopak na digitální kameru natočené Noční hovory s matkou, osobitý Němcův filmový autoportrét, mu opět získal přízeň diváků i kritiky. Do filmových výpovědí své bývalé ženy Ester Krumbachové i svého vzdáleného bratrance Václava Havla zakomponoval i pseudodokumentární záběry herců Karla Rodena a Zuzany Stivínové. Němec tu jejich ústy vede fiktivní dialog se svou zemřelou matkou, oční lékařkou. Za film získal Zlatého leoparda v Locarnu v roce 2001 za nejlepší práci s digitálním videem. 
Z dalších Němcových filmů stojí za zmínku ještě dokumentární portrét české surrealistické výtvarnice Toyen, Holka Ferrari Dino vracející se k dramatickým událostem v roce 1968 nebo experimentální film o své vlastní operaci srdce nazvaný Krajina mého srdce. Milovník experimentů a nových technologií natočil také vůbec první český 3D film Heart Beat 3D. Aktivně činný byl až do své smrti. Od loňského roku pracoval na filmu vypůjčujícím si název od Scorseseho Vlka z Wall Street, který se měl jmenovat Vlk z Královských Vinohrad. Němec ho natáčel podle vlastních autobiografických povídek a hlavní roli tu měl hrát Jiří Mádl. Podle slov své manželky Ivy Ruzselákové už ale na jeho dokončení neměl síly.
Co s tímto projektem bude po Němcově smrti dál, je zřejmě ve hvězdách. Jan Němec zanechal v českém (československém) filmu minimálně dvě nesmazatelné stopy, svými dvěma filmy, o nichž jsem tu mluvil nejvíce, Démanty noci a O slavnosti a hostech. V českém filmu patřil mezi jeho největší experimentátory a provokatéry, což potvrdil i svým demonstrativním vrácením Medaile za zásluhy, kterou obdržel z rukou svého přítele, kolegy Václava Havla v roce 2002 na protest proti uděleným státním vyznamenáním Milošem Zemanem v roce 2014. Jan Němec zemřel 18. března 2016 ve věku 79 let. 
